Nohut çeşitlerinde SSR varyasyonu ve genetik ilişkilerin değerlendirilmesi

Abstract

Çalışmada, gen bankası nohut sekanslarından dokuz yeni SSR primeri geliştirilmiş, Winter ve ark. (1999)’den seçilen 9 SSR markırıyla birlikte 21 SSR lokusunda allelik varyasyon ve genetik ilişkiler 3 desi hattı ve 28 tescilli Türk nohut çeşidinden oluşan bir aksesyon setinde değerlendirilmiştir. Primer çiftlerinden 3 tanesi hariç, diğerleri spesifik bir mikrosatellit lokusunu amplifiye etmiş, bunlarda toplam 172 allel gözlenmiş ve ortalama allel sayısı 8 olarak bulunmuştur. Çalışmada sadece üç heterozigot genotipin gözlenmesi, heterozigotinin çeşitlerde oldukça düşük olduğunu göstermektedir. Lokuslarda çeşit içi ve çeşitler arası allelik varyasyon yaygın olup varyete-spesifik bir allele rastlanmamıştır, çeşitlerin bir bölümünün birkaç lokusta monomorfik olduğu görülmüştür. SSR allel frekanslarıyla varyeteler arası olası tüm ikili kombinasyonlar için hesaplanan Nei’nin genetik mesafe katsayılarıyla çeşitlerin bir UPGMA dendrogramı oluşturulmuştur. Elde edilen gruplamada, varyetelerin münferit üniteler halinde ayrıldıkları, desi tip hatların bir dış grup halinde birlikte kümelendikleri görülmektedir. Sonuç olarak, gen bankası sekanslarından 9 yeni SSR markırının geliştirildiği çalışmada, yüksek polimorfizim seviyesi ön görülen SSR markır sistemiyle Türk nohut çeşitlerinde genetik varyasyon değerlendirilmiş, nispeten yüksek allelik varyasyon gözlenmiştir.

In this study, nine new SSR markers were developed from gene bank chickpea sequences, together with an additional nine SSR markers selected from Winter et al. (1999), allelic variation and genetic relationships were evaluated at 21 SSR loci in an accession set consisting of three desi lines and 28 kabuli type registered Turkish chickpea varieties. Except for three, a specific microsatellite locus was amplified by the rest of the primer pairs, and a total of 172 alleles were detected with an average of 8 alleles per locus. As an indication of low levels of heterozygosity in varieties, only three heterozygotes were observed. Allelic variation within and among varieties was found to be common, and no variety specific allele was detected while some varieties were monomorphic at a few marker loci. Nei’s standard genetic distance coefficients were computed from allele frequencies for all pair-wise combinations of varieties, and a UPGMA dendrogram was developed. Cluster analysis displayed all varieties as separate units in the dendrogram and grouped desi types together as an outer branch in the dendrogram. Besides the addition of 9 new SSR markers to chickpea marker collection, the study reports the successful survey of genetic variation with a highly polymorphic marker system and reveals a relatively high allelic variation in Turkish chickpea varieties.